=========== 9 分子团簇 =========== 分子团簇模块主要用于对含多个分子的超分子结构进行单个分子操作。通过操作,可以精细调整不同分子间的相对位置与朝向。 * 分子判定:对于一个结构,MView是根据它的键信息判定分子类别的。也就是说,如果输入文件中两个原子间有键连接,即便它们之间距离很远,MView也认为它们属于同一个分子。 当MView中包含结构数据时,【分子团簇】按钮亮起,点击即可进入分子团簇窗口,目前,窗口中包含5个操作。 9.1 查看单个分子信息 ===================== 操作1,用于查看分子的信息,若两个分子标签相同,则查看该标签分子信息,\ 若分子标签不同,则显示两个分子的信息,根据下拉框,可以查看以下内容。 * 原子构成:不同原子的编号以及原子符号,编号与MView主界面显示的原子编号一致。 * 中心:分子的几何中心与分子的质心。 * 距离:分子间的最小原子间距、最大原子间距、中心距离、质心距离。 * 拟合平面:分子的最佳拟合平面,对近平面分子意义较大。若选择分子标签不同,还会显示两个平面的夹角。 9.2 移动单个分子 ================= 操作2,对结构中的单个分子进行平移、旋转等操作。 * 中心移至原点:平移指定分子使其中心与坐标原点重合。 * 质心移至原点:平移指定分子使其质心与坐标原点重合。 * 平行xy平面:旋转指定分子使其与xy平面平行,与z轴垂直。 * 平行xz平面:旋转指定分子使其与xz平面平行,与y轴垂直。 * 平行yz平面:旋转指定分子使其与yz平面平行,与x轴垂直。 9.3 设置分子间朝向 =================== 操作3,通过旋转第一个指定的分子使其与第二个指定的分子平行或者垂直。 9.4 设置分子间距离 =================== 操作4,通过平移第一个指定的分子与第二个指定的分子中心距离为设定的距离。 9.5 对齐分子 ============= 操作5,先旋转指定的第一个分子,使其与指定的第二个平行,\ 再将其沿平行平面平移与旋转,使两个分子尽可能重合。此操作对两个近平面分子意义较大。 9.6 扫描分子间距 ================ 操作6,保存分子的扫描文件。 | 如果两个分子的序号相同,保存对应序号分子位移获取的扫描文件,扫描方向、扫描步数与步长在对应选项中设置。 | 如果两个分子序号不同,则保存两个分子沿中心间距变化的扫描文件,扫描方向固定为分子中心连线方向,扫描步数与步长在对应选项中设置。 9.7 对两个分子进行等距扫描 ========================== 操作7,软件先计算获取第一个分子的中心,并计算第二个分子的最适拟合平面。移动第一个分子,\ 且保证分子中心与第二个分子最适拟合平面距离不变,构建扫描文件。